Ông qua đời ngày 6 tháng 7 năm 1899. Trước khi qua đời, ông có trăn trối hãy táng xác ông giữa lối ra vào nhà thờ, "để người ta đi lại, xéo trên mồ"[2]. Tuy nhiên, giáo dân đã dịch qua khỏi lối đi và làm vòng rào bảo vệ.

Trong đám tang của ông, Bố chánh Thanh Hóa thay mặt triều đình Đại Nam và Công sứ Ninh Bình thay mặt chính phủ Bảo hộ Pháp đến dự và đọc điếu văn.